Script para cálculo do LPI baseado nas instruções disponíveis neste link.

Função prepara dados do icmbio e chama funções do pacote rlpi

Em fase de TESTE

Adaptação: Elildo Carvalho Jr, ICMBio/CENAP.

Colaboração: Fernando Lima

Carregar pacotes

library(here)
## here() starts at D:/git/monitoraFlorestalGlobal
library(tidyverse)
## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.1 --
## v ggplot2 3.3.5     v purrr   0.3.4
## v tibble  3.1.6     v dplyr   1.0.8
## v tidyr   1.2.0     v stringr 1.4.0
## v readr   2.1.2     v forcats 0.5.1
## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()
library(dplyr)

Carregar funções

source(here("bin", "lpi_icmbio.R"))

Carregar dados

#Versão disponível:
#dadosICMBio <- readRDS(here("data", "dadosICMBio_2014a2018.rds"))
#Versão não disponível
dadosICMBio <- readRDS(here("data", "dadosICMBio_2014a2019.rds"))
mydata <- dadosICMBio

Contagem de UCs

mydata %>%
  group_by(nome_UC) %>%
  count()

Contagem de espécies

mydata %>%
  group_by(binomial) %>%
  count() %>%
  arrange(desc(n)) %>%
  filter(! binomial  %in% c(
    NA,
    "E",
    "Tinamidae",
    "Cracidae",
    "Sciuridae",
    "Callitrichidae",
    "Pitheciidae",
    "Atelidae",
    "Cebidae",
    "Primates",
    "Felidae",
    "Bradypodidae",
    "Cervidae"
    )
    ) %>%
  filter(! grepl('sp.', binomial)) %>%
  print(n=Inf)
## # A tibble: 151 x 2
## # Groups:   binomial [151]
##     binomial                       n
##     <chr>                      <int>
##   1 Dasyprocta croconota        1897
##   2 Sapajus apella              1804
##   3 Myoprocta acouchy           1024
##   4 Dasyprocta leporina          753
##   5 Dasyprocta fuliginosa        690
##   6 Penelope jacquacu            505
##   7 Mazama americana             404
##   8 Tinamus major                384
##   9 Pauxi tuberosa               374
##  10 Pecari tajacu                371
##  11 Guerlinguetus aestuans       351
##  12 Ateles chamek                242
##  13 Odontophorus gujanensis      236
##  14 Sapajus macrocephalus        233
##  15 Saguinus midas               232
##  16 Lagothrix cana               224
##  17 Mazama nemorivaga            212
##  18 Myoprocta pratti             202
##  19 Psophia crepitans            202
##  20 Ateles paniscus              197
##  21 Crax alector                 192
##  22 Nasua nasua                  187
##  23 Pithecia irrorata            174
##  24 Psophia viridis              169
##  25 Tayassu pecari               144
##  26 Chiropotes albinasus         140
##  27 Cebus unicolor               125
##  28 Callicebus vieirai           122
##  29 Saguinus weddelli            114
##  30 Dasyprocta prymnolopha       111
##  31 Aburria cujubi               109
##  32 Psophia dextralis            107
##  33 Saimiri boliviensis          107
##  34 Alouatta nigerrima           106
##  35 Tamandua tetradactyla         99
##  36 Eira barbara                  96
##  37 Callicebus cupreus            91
##  38 Mico humeralifer              90
##  39 Crax fasciolata               88
##  40 Alouatta macconnelli          87
##  41 Saguinus imperator            87
##  42 Ateles marginatus             86
##  43 Alouatta puruensis            84
##  44 Saimiri ustus                 78
##  45 Odontophorus stellatus        75
##  46 Psophia leucoptera            75
##  47 Callicebus brunneus           61
##  48 Ortalis motmot                61
##  49 Callicebus moloch             57
##  50 Pithecia pithecia             56
##  51 Chiropotes sagulatus          54
##  52 Mico melanurus                54
##  53 Saimiri collinsi              52
##  54 Sciurillus pusillus           51
##  55 Callicebus hoffmannsi         49
##  56 Tapirus terrestris            49
##  57 Aotus nigriceps               48
##  58 Cebus olivaceus               48
##  59 Guerlinguetus ignitus         48
##  60 Penelope marail               46
##  61 Urosciurus igniventris        46
##  62 Sapajus cay                   44
##  63 Microsciurus flaviventer      39
##  64 Sapajus nigritus              39
##  65 Ortalis guttata               38
##  66 Callicebus bernhardi          37
##  67 Saguinus niger                34
##  68 Guerlinguetus gilvigularis    32
##  69 Aburria cumanensis            29
##  70 Alouatta belzebul             28
##  71 Mico argentatus               28
##  72 Myrmecophaga tridactyla       28
##  73 Panthera onca                 28
##  74 Cebus albifrons               26
##  75 Saimiri sciureus              26
##  76 Chiropotes chiropotes         24
##  77 Mico rondoni                  24
##  78 Puma concolor                 21
##  79 Psophia interjecta            20
##  80 Ateles belzebuth              18
##  81 Bradypus variegatus           17
##  82 Penelope obscura              17
##  83 Dasypus novemcinctus          16
##  84 Callimico goeldii             15
##  85 Dasyprocta cf. fuliginosa     15
##  86 Leopardus wiedii              15
##  87 Chiropotes satanas            14
##  88 Odontophorus capueira         14
##  89 Cuniculus paca                13
##  90 Choloepus didactylus          12
##  91 Lagothrix poeppigii           11
##  92 Leopardus pardalis            11
##  93 Tinamus solitarius            11
##  94 Galictis vittata              10
##  95 Pithecia monachus             10
##  96 Cabassous unicinctus           9
##  97 Alouatta juara                 8
##  98 Callithrix penicillata         8
##  99 Cerdocyon thous                8
## 100 Chiropotes utahickae           8
## 101 Guerlinguetus ingrami          8
## 102 Psophia obscura                8
## 103 Cacajao melanocephalus         7
## 104 Callicebus cinerascens         7
## 105 Didelphis marsupialis          7
## 106 Leopardus tigrinus             7
## 107 Mico emiliae                   7
## 108 Saimiri cassiquiarensis        7
## 109 Brachyteles arachnoides        6
## 110 bradypus variegatus            6
## 111 Dasyprocta azarae              6
## 112 Dasyprocta iacki               6
## 113 Nothocrax urumutum             6
## 114 Puma yagouaroundi              6
## 115 Saimiri macrodon               6
## 116 Callicebus baptista            5
## 117 Coendou prehensilis            5
## 118 Crax globulosa                 5
## 119 Dasypodidae                    5
## 120 Hydrochoerus hydrochaeris      5
## 121 Lontra longicaudis             5
## 122 Priodontes maximus             5
## 123 Atelocynus microtis            4
## 124 Pauxi tomentosa                4
## 125 Alouatta discolor              3
## 126 Alouatta seniculus             3
## 127 Callicebus dubius              3
## 128 Callithrix jacchus             3
## 129 Canis familiaris               3
## 130 Cebus kaapori                  3
## 131 Pteronura brasiliensis         3
## 132 Rhynchotus rufescens           3
## 133 Alouatta caraya                2
## 134 Aotus infulatus                2
## 135 Cyclopes didactylus            2
## 136 Dasypus kappleri               2
## 137 Mazama gouazoubira             2
## 138 Sylvilagus brasiliensis        2
## 139 Tapirus kabomani               2
## 140 Tayassuidae                    2
## 141 Alouatta guariba               1
## 142 Alouatta guariba clamitans     1
## 143 Callicebus lugens              1
## 144 Callithrix aurita              1
## 145 Cebuella pygmaea               1
## 146 Colinus cristatus              1
## 147 Lontra longicaudata            1
## 148 Ozotocerus bezoarticus         1
## 149 Procyon cancrivorus            1
## 150 Procyonidae                    1
## 151 Speothus venaticus             1

Contagem de populações

mydata %>%
  filter(! binomial  %in% c(
    NA,
    "E",
    "Tinamidae",
    "Cracidae",
    "Sciuridae",
    "Callitrichidae",
    "Pitheciidae",
    "Atelidae",
    "Cebidae",
    "Primates",
    "Felidae",
    "Bradypodidae",
    "Cervidae"
    )
    ) %>%
  group_by(populacao) %>%
  count() %>%
  arrange(desc(n)) %>%
  filter(! grepl('sp.', populacao)) %>%
  filter() %>%
  print(n=Inf)
## # A tibble: 731 x 2
## # Groups:   populacao [731]
##     populacao                           n
##     <chr>                           <int>
##   1 Dasyprocta_croconota_259          998
##   2 Myoprocta_acouchy_213             880
##   3 Dasyprocta_croconota_47           334
##   4 Sapajus_apella_259                294
##   5 Dasyprocta_croconota_151          290
##   6 Dasyprocta_leporina_213           264
##   7 Dasyprocta_leporina_1810          231
##   8 Tinamus_major_213                 230
##   9 Dasyprocta_croconota_258          225
##  10 Sapajus_apella_213                205
##  11 Sapajus_apella_151                202
##  12 Ateles_paniscus_213               152
##  13 Dasyprocta_fuliginosa_208         148
##  14 Sapajus_apella_47                 142
##  15 Crax_alector_213                  136
##  16 Penelope_jacquacu_232             128
##  17 Sapajus_apella_169                126
##  18 Saguinus_midas_187                116
##  19 Tinamus_major_187                 116
##  20 Dasyprocta_fuliginosa_232         115
##  21 Dasyprocta_leporina_211           114
##  22 Lagothrix_cana_208                112
##  23 Dasyprocta_fuliginosa_281         107
##  24 Sapajus_apella_258                104
##  25 Psophia_crepitans_213             102
##  26 Sapajus_apella_256                101
##  27 Sapajus_apella_281                 98
##  28 Sapajus_macrocephalus_232          98
##  29 Sapajus_apella_118                 96
##  30 Ateles_chamek_281                  94
##  31 Dasyprocta_fuliginosa_118          94
##  32 Callicebus_vieirai_47              92
##  33 Guerlinguetus_aestuans_47          89
##  34 Myoprocta_acouchy_187              89
##  35 Psophia_viridis_259                89
##  36 Sapajus_apella_173                 88
##  37 Penelope_jacquacu_274              87
##  38 Mazama_americana_259               86
##  39 Nasua_nasua_259                    86
##  40 Dasyprocta_leporina_187            85
##  41 Alouatta_nigerrima_259             82
##  42 Dasyprocta_prymnolopha_207         80
##  43 Lagothrix_cana_281                 78
##  44 Pecari_tajacu_232                  77
##  45 Pauxi_tuberosa_281                 72
##  46 Mico_humeralifer_259               71
##  47 Penelope_jacquacu_208              69
##  48 Sapajus_macrocephalus_222          69
##  49 Pauxi_tuberosa_47                  68
##  50 Myoprocta_pratti_173               66
##  51 Sapajus_apella_136                 66
##  52 Odontophorus_gujanensis_47         64
##  53 Saguinus_midas_169                 61
##  54 Sapajus_apella_188                 57
##  55 Penelope_jacquacu_1633             56
##  56 Psophia_crepitans_187              56
##  57 Saguinus_midas_213                 55
##  58 Callicebus_cupreus_232             54
##  59 Chiropotes_sagulatus_213           54
##  60 Penelope_jacquacu_222              54
##  61 Guerlinguetus_aestuans_151         53
##  62 Mico_melanurus_281                 53
##  63 Myoprocta_acouchy_169              53
##  64 Myoprocta_pratti_232               52
##  65 Sapajus_apella_1810                52
##  66 Guerlinguetus_aestuans_213         51
##  67 Saimiri_boliviensis_232            51
##  68 Ateles_chamek_118                  50
##  69 Dasyprocta_croconota_136           50
##  70 Sapajus_apella_187                 50
##  71 Dasyprocta_fuliginosa_188          49
##  72 Penelope_jacquacu_173              49
##  73 Sapajus_macrocephalus_1633         49
##  74 Chiropotes_albinasus_259           48
##  75 Dasyprocta_leporina_169            48
##  76 Guerlinguetus_ignitus_232          48
##  77 Odontophorus_gujanensis_258        48
##  78 Pecari_tajacu_259                  48
##  79 Myoprocta_pratti_274               47
##  80 Saguinus_weddelli_118              47
##  81 Cebus_unicolor_259                 46
##  82 Pithecia_irrorata_259              46
##  83 Saimiri_boliviensis_222            46
##  84 Chiropotes_albinasus_208           45
##  85 Mazama_americana_213               45
##  86 Sapajus_cay_143                    44
##  87 Mazama_nemorivaga_259              43
##  88 Saguinus_imperator_222             43
##  89 Sapajus_apella_208                 43
##  90 Pauxi_tuberosa_208                 42
##  91 Alouatta_puruensis_232             41
##  92 Cebus_unicolor_232                 41
##  93 Dasyprocta_fuliginosa_256          41
##  94 Crax_fasciolata_47                 40
##  95 Dasyprocta_fuliginosa_222          40
##  96 Alouatta_macconnelli_187           39
##  97 Callicebus_hoffmannsi_259          39
##  98 Pauxi_tuberosa_118                 39
##  99 Sapajus_apella_211                 39
## 100 Odontophorus_gujanensis_213        38
## 101 Urosciurus_igniventris_173         38
## 102 Callicebus_bernhardi_208           37
## 103 Callicebus_cupreus_222             37
## 104 Callicebus_moloch_258              37
## 105 Mazama_americana_258               37
## 106 Penelope_jacquacu_149              37
## 107 Ateles_marginatus_151              36
## 108 Mazama_americana_208               36
## 109 Pauxi_tuberosa_258                 36
## 110 Psophia_leucoptera_232             36
## 111 Aotus_nigriceps_232                35
## 112 Ateles_chamek_208                  35
## 113 Callicebus_brunneus_188            35
## 114 Odontophorus_gujanensis_151        35
## 115 Psophia_dextralis_151              35
## 116 Lagothrix_cana_1633                34
## 117 Tinamus_major_169                  34
## 118 Alouatta_macconnelli_213           33
## 119 Psophia_dextralis_258              33
## 120 Alouatta_puruensis_222             32
## 121 Crax_alector_187                   32
## 122 Guerlinguetus_gilvigularis_1810    32
## 123 Pauxi_tuberosa_151                 32
## 124 Pauxi_tuberosa_259                 32
## 125 Sapajus_nigritus_172               32
## 126 Chiropotes_albinasus_281           31
## 127 Dasyprocta_prymnolopha_57          31
## 128 Mazama_nemorivaga_208              31
## 129 Pecari_tajacu_213                  31
## 130 Saguinus_weddelli_232              31
## 131 Sciurillus_pusillus_169            31
## 132 Callicebus_vieirai_151             30
## 133 Pithecia_pithecia_173              30
## 134 Psophia_crepitans_169              30
## 135 Tayassu_pecari_151                 30
## 136 Ateles_paniscus_187                29
## 137 Odontophorus_stellatus_232         29
## 138 Odontophorus_stellatus_274         29
## 139 Dasyprocta_fuliginosa_221          28
## 140 Mico_argentatus_1810               28
## 141 Pithecia_irrorata_274              28
## 142 Psophia_viridis_208                28
## 143 Saimiri_collinsi_47                28
## 144 Sapajus_apella_221                 28
## 145 Ateles_marginatus_258              27
## 146 Psophia_dextralis_47               27
## 147 Saguinus_imperator_232             27
## 148 Saguinus_niger_211                 27
## 149 Aburria_cujubi_151                 26
## 150 Ateles_chamek_188                  25
## 151 Crax_fasciolata_151                25
## 152 Mazama_americana_232               25
## 153 Psophia_viridis_281                25
## 154 Chiropotes_chiropotes_189          24
## 155 Mazama_americana_47                24
## 156 Mico_rondoni_118                   24
## 157 Pecari_tajacu_151                  24
## 158 Guerlinguetus_aestuans_259         23
## 159 Nasua_nasua_232                    23
## 160 Penelope_marail_169                23
## 161 Penelope_marail_187                23
## 162 Aburria_cujubi_259                 22
## 163 Mazama_americana_211               22
## 164 Mazama_nemorivaga_187              22
## 165 Odontophorus_gujanensis_259        22
## 166 Pecari_tajacu_281                  22
## 167 Saimiri_collinsi_211               22
## 168 Alouatta_nigerrima_1810            21
## 169 Dasyprocta_fuliginosa_274          21
## 170 Guerlinguetus_aestuans_207         21
## 171 Myoprocta_pratti_259               21
## 172 Saimiri_ustus_118                  21
## 173 Pithecia_irrorata_118              20
## 174 Psophia_interjecta_211             20
## 175 Mazama_americana_281               19
## 176 Mico_humeralifer_136               19
## 177 Pithecia_irrorata_1633             19
## 178 Aburria_cujubi_281                 18
## 179 Dasyprocta_fuliginosa_149          18
## 180 Guerlinguetus_aestuans_169         18
## 181 Guerlinguetus_aestuans_173         18
## 182 Mazama_nemorivaga_281              18
## 183 Microsciurus_flaviventer_232       18
## 184 Pauxi_tuberosa_211                 18
## 185 Saguinus_weddelli_222              18
## 186 Ateles_chamek_256                  17
## 187 Cebus_albifrons_1633               17
## 188 Dasyprocta_fuliginosa_173          17
## 189 Pithecia_irrorata_281              17
## 190 Saguinus_imperator_274             17
## 191 Aburria_cujubi_258                 16
## 192 Ateles_paniscus_169                16
## 193 Crax_fasciolata_211                16
## 194 Guerlinguetus_aestuans_211         16
## 195 Mazama_nemorivaga_213              16
## 196 Pithecia_irrorata_208              16
## 197 Psophia_viridis_118                16
## 198 Saimiri_ustus_256                  16
## 199 Sapajus_macrocephalus_274          16
## 200 Tayassu_pecari_57                  16
## 201 Alouatta_belzebul_207              15
## 202 Ateles_belzebuth_57                15
## 203 Dasyprocta_cf. fuliginosa_274      15
## 204 Ortalis_guttata_222                15
## 205 Penelope_obscura_142               15
## 206 Alouatta_macconnelli_169           14
## 207 Ateles_chamek_149                  14
## 208 Ateles_marginatus_47               14
## 209 Callimico_goeldii_232              14
## 210 Chiropotes_satanas_207             14
## 211 Crax_alector_57                    14
## 212 Eira_barbara_213                   14
## 213 Eira_barbara_232                   14
## 214 Mazama_americana_169               14
## 215 Mazama_americana_1810              14
## 216 Pecari_tajacu_118                  14
## 217 Penelope_jacquacu_189              14
## 218 Psophia_leucoptera_274             14
## 219 Saimiri_ustus_281                  14
## 220 Tamandua_tetradactyla_151          14
## 221 Tayassu_pecari_259                 14
## 222 Tayassu_pecari_281                 14
## 223 Callicebus_brunneus_118            13
## 224 Cebus_olivaceus_189                13
## 225 Guerlinguetus_aestuans_258         13
## 226 Mazama_americana_151               13
## 227 Mazama_nemorivaga_188              13
## 228 Nasua_nasua_151                    13
## 229 Ortalis_motmot_151                 13
## 230 Pecari_tajacu_208                  13
## 231 Pecari_tajacu_256                  13
## 232 Pecari_tajacu_258                  13
## 233 Saguinus_weddelli_188              13
## 234 Sapajus_apella_207                 13
## 235 Tayassu_pecari_118                 13
## 236 Alouatta_belzebul_211              12
## 237 Cebus_olivaceus_60                 12
## 238 Cebus_unicolor_222                 12
## 239 Dasyprocta_fuliginosa_1633         12
## 240 Eira_barbara_259                   12
## 241 Ortalis_motmot_60                  12
## 242 Pecari_tajacu_1633                 12
## 243 Pecari_tajacu_173                  12
## 244 Pecari_tajacu_187                  12
## 245 Pecari_tajacu_222                  12
## 246 Tamandua_tetradactyla_232          12
## 247 Aburria_cujubi_47                  11
## 248 Aburria_cumanensis_149             11
## 249 Aburria_cumanensis_213             11
## 250 Dasyprocta_leporina_189            11
## 251 Guerlinguetus_aestuans_188         11
## 252 Mazama_americana_57                11
## 253 Mazama_nemorivaga_169              11
## 254 Microsciurus_flaviventer_173       11
## 255 Ortalis_guttata_259                11
## 256 Pauxi_tuberosa_1810                11
## 257 Pecari_tajacu_47                   11
## 258 Penelope_jacquacu_60               11
## 259 Pithecia_irrorata_188              11
## 260 Tamandua_tetradactyla_208          11
## 261 Alouatta_puruensis_281             10
## 262 Callicebus_hoffmannsi_136          10
## 263 Guerlinguetus_aestuans_187         10
## 264 Guerlinguetus_aestuans_274         10
## 265 Lagothrix_poeppigii_149            10
## 266 Odontophorus_stellatus_222         10
## 267 Pecari_tajacu_207                  10
## 268 Pithecia_monachus_149              10
## 269 Psophia_crepitans_57               10
## 270 Psophia_leucoptera_1633            10
## 271 Saimiri_sciureus_213               10
## 272 Tamandua_tetradactyla_213          10
## 273 Aburria_cujubi_211                  9
## 274 Ateles_marginatus_1810              9
## 275 Bradypus_variegatus_259             9
## 276 Callicebus_brunneus_256             9
## 277 Callicebus_moloch_1810              9
## 278 Cebus_olivaceus_57                  9
## 279 Chiropotes_albinasus_136            9
## 280 Crax_alector_169                    9
## 281 Mazama_americana_187                9
## 282 Mazama_nemorivaga_118               9
## 283 Myoprocta_pratti_149                9
## 284 Odontophorus_gujanensis_173         9
## 285 Ortalis_motmot_211                  9
## 286 Pithecia_pithecia_187               9
## 287 Pithecia_pithecia_213               9
## 288 Psophia_dextralis_1810              9
## 289 Saimiri_sciureus_169                9
## 290 Tayassu_pecari_211                  9
## 291 Callithrix_penicillata_148          8
## 292 Chiropotes_utahickae_211            8
## 293 Myrmecophaga_tridactyla_259         8
## 294 Nasua_nasua_47                      8
## 295 Odontophorus_capueira_152           8
## 296 Odontophorus_gujanensis_211         8
## 297 Pecari_tajacu_169                   8
## 298 Pithecia_pithecia_169               8
## 299 Psophia_leucoptera_149              8
## 300 Psophia_obscura_207                 8
## 301 Tamandua_tetradactyla_259           8
## 302 Tapirus_terrestris_281              8
## 303 Urosciurus_igniventris_57           8
## 304 Cacajao_melanocephalus_173          7
## 305 Callicebus_cinerascens_281          7
## 306 Chiropotes_albinasus_258            7
## 307 Guerlinguetus_aestuans_281          7
## 308 Mazama_americana_207                7
## 309 Mazama_americana_222                7
## 310 Mazama_nemorivaga_1810              7
## 311 Nasua_nasua_118                     7
## 312 Pauxi_tuberosa_256                  7
## 313 Pecari_tajacu_221                   7
## 314 Pithecia_irrorata_221               7
## 315 Psophia_leucoptera_222              7
## 316 Saguinus_niger_207                  7
## 317 Saimiri_sciureus_187                7
## 318 Saimiri_ustus_208                   7
## 319 Sciurillus_pusillus_187             7
## 320 Tapirus_terrestris_213              7
## 321 Tayassu_pecari_222                  7
## 322 Tayassu_pecari_47                   7
## 323 Brachyteles_arachnoides_152         6
## 324 Callicebus_moloch_281               6
## 325 Cebus_olivaceus_169                 6
## 326 Cebus_unicolor_149                  6
## 327 Cebus_unicolor_281                  6
## 328 Dasyprocta_iacki_196                6
## 329 Galictis_vittata_259                6
## 330 Mazama_americana_188                6
## 331 Mazama_nemorivaga_173               6
## 332 Mazama_nemorivaga_256               6
## 333 Mazama_nemorivaga_47                6
## 334 Mico_emiliae_151                    6
## 335 Microsciurus_flaviventer_274        6
## 336 Myrmecophaga_tridactyla_232         6
## 337 Nasua_nasua_211                     6
## 338 Odontophorus_stellatus_149          6
## 339 Ortalis_guttata_136                 6
## 340 Ortalis_motmot_57                   6
## 341 Pauxi_tuberosa_136                  6
## 342 Pecari_tajacu_211                   6
## 343 Pithecia_irrorata_256               6
## 344 Psophia_viridis_136                 6
## 345 Saimiri_boliviensis_258             6
## 346 Saimiri_cassiquiarensis_173         6
## 347 Saimiri_macrodon_149                6
## 348 Saimiri_ustus_1810                  6
## 349 Saimiri_ustus_259                   6
## 350 Sapajus_nigritus_152                6
## 351 Tapirus_terrestris_47               6
## 352 Tapirus_terrestris_57               6
## 353 Aburria_cumanensis_143              5
## 354 Alouatta_juara_173                  5
## 355 Ateles_chamek_221                   5
## 356 Callicebus_baptista_136             5
## 357 Callicebus_moloch_211               5
## 358 Cebus_albifrons_173                 5
## 359 Cebus_olivaceus_187                 5
## 360 Cebus_unicolor_256                  5
## 361 Choloepus_didactylus_259            5
## 362 Crax_globulosa_1633                 5
## 363 Dasypodidae_259                     5
## 364 Dasyprocta_azarae_172               5
## 365 Dasypus_novemcinctus_259            5
## 366 Eira_barbara_118                    5
## 367 Eira_barbara_173                    5
## 368 Eira_barbara_281                    5
## 369 Eira_barbara_284                    5
## 370 Guerlinguetus_ingrami_142           5
## 371 Mazama_americana_118                5
## 372 Mazama_americana_149                5
## 373 Myoprocta_pratti_222                5
## 374 Nasua_nasua_169                     5
## 375 Nasua_nasua_187                     5
## 376 Nasua_nasua_208                     5
## 377 Nasua_nasua_213                     5
## 378 Nasua_nasua_281                     5
## 379 Odontophorus_gujanensis_207         5
## 380 Odontophorus_gujanensis_57          5
## 381 Ortalis_motmot_189                  5
## 382 Ortalis_motmot_213                  5
## 383 Panthera_onca_259                   5
## 384 Pauxi_tuberosa_189                  5
## 385 Saguinus_weddelli_256               5
## 386 Sciurillus_pusillus_211             5
## 387 Tamandua_tetradactyla_188           5
## 388 Tamandua_tetradactyla_274           5
## 389 Tayassu_pecari_256                  5
## 390 Tinamus_solitarius_172              5
## 391 Aotus_nigriceps_281                 4
## 392 Bradypus_variegatus_196             4
## 393 Cabassous_unicinctus_232            4
## 394 Cebus_unicolor_173                  4
## 395 Choloepus_didactylus_169            4
## 396 Didelphis_marsupialis_259           4
## 397 Eira_barbara_208                    4
## 398 Guerlinguetus_aestuans_221          4
## 399 Mazama_americana_173                4
## 400 Mazama_americana_274                4
## 401 Mazama_nemorivaga_151               4
## 402 Mazama_nemorivaga_211               4
## 403 Nothocrax_urumutum_232              4
## 404 Ortalis_motmot_47                   4
## 405 Panthera_onca_187                   4
## 406 Panthera_onca_213                   4
## 407 Panthera_onca_281                   4
## 408 Pauxi_tomentosa_60                  4
## 409 Pecari_tajacu_188                   4
## 410 Psophia_crepitans_189               4
## 411 Puma_concolor_259                   4
## 412 Saimiri_ustus_258                   4
## 413 Tamandua_tetradactyla_118           4
## 414 Tamandua_tetradactyla_211           4
## 415 Tamandua_tetradactyla_47            4
## 416 Tapirus_terrestris_259              4
## 417 Tayassu_pecari_169                  4
## 418 Tayassu_pecari_208                  4
## 419 Tinamus_solitarius_142              4
## 420 Aburria_cujubi_136                  3
## 421 Alouatta_juara_274                  3
## 422 Alouatta_nigerrima_136              3
## 423 Alouatta_seniculus_57               3
## 424 Aotus_nigriceps_222                 3
## 425 Aotus_nigriceps_259                 3
## 426 Ateles_belzebuth_189                3
## 427 bradypus_variegatus_259             3
## 428 Callicebus_brunneus_208             3
## 429 Callicebus_dubius_1633              3
## 430 Cebus_kaapori_207                   3
## 431 Cebus_olivaceus_213                 3
## 432 Cebus_unicolor_274                  3
## 433 Coendou_prehensilis_259             3
## 434 Crax_fasciolata_143                 3
## 435 Cuniculus_paca_187                  3
## 436 Cuniculus_paca_259                  3
## 437 Eira_barbara_187                    3
## 438 Eira_barbara_211                    3
## 439 Eira_barbara_258                    3
## 440 Eira_barbara_274                    3
## 441 Guerlinguetus_ingrami_152           3
## 442 Leopardus_pardalis_259              3
## 443 Leopardus_tigrinus_232              3
## 444 Leopardus_wiedii_213                3
## 445 Leopardus_wiedii_232                3
## 446 Leopardus_wiedii_259                3
## 447 Mazama_americana_136                3
## 448 Mazama_americana_143                3
## 449 Mazama_nemorivaga_1626              3
## 450 Mazama_nemorivaga_210               3
## 451 Microsciurus_flaviventer_222        3
## 452 Myrmecophaga_tridactyla_213         3
## 453 Nasua_nasua_222                     3
## 454 Nasua_nasua_256                     3
## 455 Nasua_nasua_274                     3
## 456 Odontophorus_capueira_142           3
## 457 Odontophorus_capueira_172           3
## 458 Ortalis_guttata_274                 3
## 459 Ortalis_motmot_169                  3
## 460 Panthera_onca_232                   3
## 461 Pauxi_tuberosa_207                  3
## 462 Pecari_tajacu_136                   3
## 463 Pecari_tajacu_149                   3
## 464 Pecari_tajacu_1626                  3
## 465 Pecari_tajacu_172                   3
## 466 Pithecia_irrorata_222               3
## 467 Psophia_dextralis_281               3
## 468 Psophia_viridis_188                 3
## 469 Pteronura_brasiliensis_173          3
## 470 Puma_concolor_213                   3
## 471 Saimiri_boliviensis_1633            3
## 472 Sciurillus_pusillus_259             3
## 473 Tamandua_tetradactyla_187           3
## 474 Tamandua_tetradactyla_222           3
## 475 Tamandua_tetradactyla_256           3
## 476 Tamandua_tetradactyla_281           3
## 477 Tapirus_terrestris_143              3
## 478 Tapirus_terrestris_208              3
## 479 Tayassu_pecari_136                  3
## 480 Tayassu_pecari_187                  3
## 481 Tayassu_pecari_213                  3
## 482 Tinamus_major_189                   3
## 483 Aburria_cujubi_1810                 2
## 484 Aburria_cujubi_207                  2
## 485 Alouatta_caraya_143                 2
## 486 Alouatta_discolor_258               2
## 487 Aotus_nigriceps_1633                2
## 488 bradypus_variegatus_169             2
## 489 Cabassous_unicinctus_259            2
## 490 Callithrix_jacchus_196              2
## 491 Cebus_albifrons_136                 2
## 492 Cebus_albifrons_274                 2
## 493 Cebus_unicolor_136                  2
## 494 Cerdocyon_thous_208                 2
## 495 Cerdocyon_thous_256                 2
## 496 Cerdocyon_thous_259                 2
## 497 Cerdocyon_thous_281                 2
## 498 Choloepus_didactylus_173            2
## 499 Crax_fasciolata_256                 2
## 500 Crax_fasciolata_281                 2
## 501 Cuniculus_paca_136                  2
## 502 Cuniculus_paca_211                  2
## 503 Dasypus_novemcinctus_187            2
## 504 Dasypus_novemcinctus_232            2
## 505 Dasypus_novemcinctus_281            2
## 506 Didelphis_marsupialis_281           2
## 507 Eira_barbara_169                    2
## 508 Eira_barbara_1810                   2
## 509 Eira_barbara_188                    2
## 510 Eira_barbara_207                    2
## 511 Eira_barbara_222                    2
## 512 Eira_barbara_57                     2
## 513 Eira_barbara_60                     2
## 514 Galictis_vittata_281                2
## 515 Guerlinguetus_aestuans_196          2
## 516 Guerlinguetus_aestuans_222          2
## 517 Hydrochoerus_hydrochaeris_281       2
## 518 Leopardus_pardalis_281              2
## 519 Leopardus_wiedii_1810               2
## 520 Leopardus_wiedii_258                2
## 521 Lontra_longicaudis_173              2
## 522 Mazama_americana_1633               2
## 523 Mazama_americana_256                2
## 524 Mazama_gouazoubira_76               2
## 525 Mazama_nemorivaga_221               2
## 526 Mazama_nemorivaga_222               2
## 527 Mazama_nemorivaga_258               2
## 528 Myoprocta_acouchy_57                2
## 529 Myoprocta_pratti_281                2
## 530 Myrmecophaga_tridactyla_57          2
## 531 Nasua_nasua_136                     2
## 532 Nasua_nasua_143                     2
## 533 Nasua_nasua_1810                    2
## 534 Odontophorus_gujanensis_187         2
## 535 Ortalis_guttata_232                 2
## 536 Ortalis_motmot_1810                 2
## 537 Ortalis_motmot_258                  2
## 538 Panthera_onca_118                   2
## 539 Panthera_onca_208                   2
## 540 Panthera_onca_274                   2
## 541 Pauxi_tuberosa_232                  2
## 542 Pecari_tajacu_143                   2
## 543 Pecari_tajacu_1810                  2
## 544 Pecari_tajacu_210                   2
## 545 Pecari_tajacu_274                   2
## 546 Penelope_obscura_152                2
## 547 Priodontes_maximus_281              2
## 548 Psophia_viridis_256                 2
## 549 Puma_concolor_136                   2
## 550 Puma_concolor_173                   2
## 551 Puma_concolor_258                   2
## 552 Puma_concolor_47                    2
## 553 Rhynchotus_rufescens_76             2
## 554 Saimiri_collinsi_207                2
## 555 Saimiri_ustus_136                   2
## 556 Sciurillus_pusillus_136             2
## 557 Sciurillus_pusillus_281             2
## 558 Tamandua_tetradactyla_143           2
## 559 Tamandua_tetradactyla_173           2
## 560 Tamandua_tetradactyla_285           2
## 561 Tapirus_kabomani_188                2
## 562 Tapirus_terrestris_118              2
## 563 Tapirus_terrestris_1633             2
## 564 Tapirus_terrestris_188              2
## 565 Tayassu_pecari_149                  2
## 566 Tayassu_pecari_1633                 2
## 567 Tayassu_pecari_173                  2
## 568 Tayassu_pecari_232                  2
## 569 Aburria_cumanensis_232              1
## 570 Aburria_cumanensis_57               1
## 571 Alouatta_belzebul_196               1
## 572 Alouatta_discolor_47                1
## 573 Alouatta_guariba clamitans_152      1
## 574 Alouatta_guariba_142                1
## 575 Alouatta_macconnelli_189            1
## 576 Alouatta_puruensis_188              1
## 577 Aotus_infulatus_151                 1
## 578 Aotus_infulatus_169                 1
## 579 Aotus_nigriceps_258                 1
## 580 Ateles_chamek_1633                  1
## 581 Ateles_chamek_259                   1
## 582 Atelocynus_microtis_136             1
## 583 Atelocynus_microtis_1626            1
## 584 Atelocynus_microtis_208             1
## 585 Atelocynus_microtis_211             1
## 586 Bradypus_variegatus_151             1
## 587 bradypus_variegatus_211             1
## 588 Bradypus_variegatus_211             1
## 589 Bradypus_variegatus_213             1
## 590 Bradypus_variegatus_274             1
## 591 Cabassous_unicinctus_118            1
## 592 Cabassous_unicinctus_221            1
## 593 Cabassous_unicinctus_281            1
## 594 Callicebus_brunneus_221             1
## 595 Callicebus_lugens_189               1
## 596 Callimico_goeldii_222               1
## 597 Callithrix_aurita_142               1
## 598 Callithrix_jacchus_142              1
## 599 Canis_familiaris_148                1
## 600 Canis_familiaris_152                1
## 601 Canis_familiaris_274                1
## 602 Cebuella_pygmaea_222                1
## 603 Choloepus_didactylus_208            1
## 604 Coendou_prehensilis_222             1
## 605 Coendou_prehensilis_281             1
## 606 Colinus_cristatus_169               1
## 607 Crax_alector_60                     1
## 608 Cuniculus_paca_1810                 1
## 609 Cuniculus_paca_256                  1
## 610 Cuniculus_paca_284                  1
## 611 Cyclopes_didactylus_213             1
## 612 Cyclopes_didactylus_259             1
## 613 Dasyprocta_azarae_143               1
## 614 Dasypus_kappleri_211                1
## 615 Dasypus_kappleri_256                1
## 616 Dasypus_novemcinctus_213            1
## 617 Dasypus_novemcinctus_221            1
## 618 Dasypus_novemcinctus_222            1
## 619 Dasypus_novemcinctus_256            1
## 620 Dasypus_novemcinctus_76             1
## 621 Didelphis_marsupialis_47            1
## 622 Eira_barbara_142                    1
## 623 Eira_barbara_151                    1
## 624 Eira_barbara_152                    1
## 625 Eira_barbara_1633                   1
## 626 Eira_barbara_210                    1
## 627 Eira_barbara_285                    1
## 628 Galictis_vittata_213                1
## 629 Galictis_vittata_232                1
## 630 Guerlinguetus_aestuans_118          1
## 631 Guerlinguetus_aestuans_136          1
## 632 Guerlinguetus_aestuans_189          1
## 633 Hydrochoerus_hydrochaeris_118       1
## 634 Hydrochoerus_hydrochaeris_210       1
## 635 Hydrochoerus_hydrochaeris_211       1
## 636 Lagothrix_poeppigii_274             1
## 637 Leopardus_pardalis_1633             1
## 638 Leopardus_pardalis_173              1
## 639 Leopardus_pardalis_187              1
## 640 Leopardus_pardalis_213              1
## 641 Leopardus_pardalis_232              1
## 642 Leopardus_pardalis_57               1
## 643 Leopardus_tigrinus_169              1
## 644 Leopardus_tigrinus_173              1
## 645 Leopardus_tigrinus_259              1
## 646 Leopardus_tigrinus_57               1
## 647 Leopardus_wiedii_169                1
## 648 Leopardus_wiedii_208                1
## 649 Lontra_longicaudata_274             1
## 650 Lontra_longicaudis_1633             1
## 651 Lontra_longicaudis_259              1
## 652 Lontra_longicaudis_274              1
## 653 Mazama_americana_210                1
## 654 Mazama_nemorivaga_136               1
## 655 Mazama_nemorivaga_149               1
## 656 Mazama_nemorivaga_1633              1
## 657 Mazama_nemorivaga_284               1
## 658 Mico_emiliae_47                     1
## 659 Mico_melanurus_208                  1
## 660 Microsciurus_flaviventer_57         1
## 661 Myrmecophaga_tridactyla_118         1
## 662 Myrmecophaga_tridactyla_188         1
## 663 Myrmecophaga_tridactyla_208         1
## 664 Myrmecophaga_tridactyla_211         1
## 665 Myrmecophaga_tridactyla_222         1
## 666 Myrmecophaga_tridactyla_256         1
## 667 Myrmecophaga_tridactyla_258         1
## 668 Myrmecophaga_tridactyla_281         1
## 669 Myrmecophaga_tridactyla_47          1
## 670 Nasua_nasua_172                     1
## 671 Nasua_nasua_207                     1
## 672 Nasua_nasua_241                     1
## 673 Nasua_nasua_258                     1
## 674 Nothocrax_urumutum_173              1
## 675 Nothocrax_urumutum_208              1
## 676 Odontophorus_stellatus_151          1
## 677 Ortalis_guttata_256                 1
## 678 Ozotocerus_bezoarticus_1633         1
## 679 Panthera_onca_151                   1
## 680 Panthera_onca_284                   1
## 681 Pauxi_tuberosa_188                  1
## 682 Pecari_tajacu_285                   1
## 683 Pecari_tajacu_60                    1
## 684 Pithecia_irrorata_136               1
## 685 Priodontes_maximus_211              1
## 686 Priodontes_maximus_213              1
## 687 Priodontes_maximus_232              1
## 688 Procyon_cancrivorus_1626            1
## 689 Procyonidae_281                     1
## 690 Puma_concolor_118                   1
## 691 Puma_concolor_151                   1
## 692 Puma_concolor_211                   1
## 693 Puma_concolor_232                   1
## 694 Puma_concolor_281                   1
## 695 Puma_concolor_60                    1
## 696 Puma_yagouaroundi_187               1
## 697 Puma_yagouaroundi_208               1
## 698 Puma_yagouaroundi_222               1
## 699 Puma_yagouaroundi_232               1
## 700 Puma_yagouaroundi_259               1
## 701 Puma_yagouaroundi_281               1
## 702 Rhynchotus_rufescens_148            1
## 703 Saimiri_boliviensis_274             1
## 704 Saimiri_cassiquiarensis_57          1
## 705 Saimiri_ustus_151                   1
## 706 Saimiri_ustus_221                   1
## 707 Sapajus_macrocephalus_189           1
## 708 Sapajus_nigritus_142                1
## 709 Sciurillus_pusillus_188             1
## 710 Speothus_venaticus_232              1
## 711 Sylvilagus_brasiliensis_118         1
## 712 Sylvilagus_brasiliensis_211         1
## 713 Tamandua_tetradactyla_136           1
## 714 Tamandua_tetradactyla_189           1
## 715 Tamandua_tetradactyla_207           1
## 716 Tamandua_tetradactyla_57            1
## 717 Tapirus_terrestris_169              1
## 718 Tapirus_terrestris_187              1
## 719 Tapirus_terrestris_211              1
## 720 Tapirus_terrestris_222              1
## 721 Tapirus_terrestris_258              1
## 722 Tapirus_terrestris_285              1
## 723 Tayassu_pecari_1626                 1
## 724 Tayassu_pecari_1810                 1
## 725 Tayassu_pecari_207                  1
## 726 Tayassu_pecari_258                  1
## 727 Tayassuidae_1633                    1
## 728 Tayassuidae_259                     1
## 729 Tinamus_major_60                    1
## 730 Tinamus_solitarius_148              1
## 731 Tinamus_solitarius_152              1

Contagem de transectos

mydata %>%
  distinct(nome_UC, estacao_amostral) %>%
  count()

Esforço total

mydata %>%
  summarize(sum(esforco, na.rm = TRUE)/1000)

Cálculo de esforço anual por UC (Km)

esforco <- mydata %>%
  group_by(cnuc, ano) %>%
  summarize(esforco = sum(esforco, na.rm = TRUE)/1000) %>%
  filter(esforco > 149) 
## `summarise()` has grouped output by 'cnuc'. You can override using the
## `.groups` argument.
esforco

##Seleção por critérios ### Selecionar UCs Seleção de UCs com mais de 1 ano de amostragem e mais de 149 km de esforço anual.

ucs_selecionadas <- esforco %>%
  group_by(cnuc) %>% 
  count() %>%
  filter(n > 1) %>%
  pull(cnuc)
ucs_selecionadas
##  [1]  118  151  169  173  187  188  208  211  213  222  232  256  259  274  281
## [16] 1633 1810

Filtrar

Filtrar dados mantendo somente UCs selecionadas

mydata <- mydata %>%
  filter(cnuc %in% ucs_selecionadas)
mydata

Remover especies identificadas apenas ao nível de gênero

mydata <- mydata %>%
  filter(! grepl('sp.', binomial))
mydata

Esforço anual em km

esforco_anual <- mydata %>%
  group_by(cnuc, ano) %>%
  summarize(esforco = sum(esforco, na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(esforco = esforco/1000)
## `summarise()` has grouped output by 'cnuc'. You can override using the
## `.groups` argument.
esforco_anual

Esforço anual em formato wide (QPEHE)

esforco_anual_wide <- esforco_anual %>%
  pivot_wider(names_from = ano, values_from = esforco) %>%
  select(cnuc,
         `2014`,
         `2015`,
         `2016`,
         `2017`,
         `2018`,
         `2019`
         ) %>%
  ungroup()
esforco_anual_wide

Número de registros anuais

n_registros <- mydata %>%
  group_by(cnuc, ano, populacao) %>%
  count() %>%
  mutate(n = as.numeric(n))
n_registros

Número de registros anuais em formato wide (QPEHE)

n_registros_wide <- n_registros %>%
  pivot_wider(names_from = ano, values_from = n) %>%
  select(cnuc,
         populacao,
         `2014`,
         `2015`,
         `2016`,
         `2017`,
         `2018`,
         `2019`
         ) %>%
  replace(is.na(.), 0) %>%
  ungroup()
n_registros_wide

Taxa de encontro anual

Estimativa de abundância relativa (número de registros por esforço). Neste caso NAs devem ser mantidos! Vai entender…

taxas_anuais <- data.frame(n_registros_wide)
esforcos_anuais <- data.frame(esforco_anual_wide)
for(i in 1:nrow(taxas_anuais)) {
  cnuc_temp <- taxas_anuais[i, "cnuc"]
  esforco_temp <- esforcos_anuais %>% filter(cnuc == cnuc_temp) %>% select(-cnuc)
  taxas_anuais[i, 3:8] <- round(taxas_anuais[i, 3:8]/esforco_temp, 3)
}
taxas_anuais <- as_tibble(taxas_anuais)
taxas_anuais %>%
  print(n=Inf)
## # A tibble: 550 x 8
##      cnuc populacao                      X2014  X2015  X2016  X2017 X2018  X2019
##     <dbl> <chr>                          <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl> <dbl>  <dbl>
##   1   118 Ateles_chamek_118              0.12   0.167  0.143  0.118 0.075  0.108
##   2   118 Dasyprocta_fuliginosa_118      0.16   0.3    0.414  0.247 0.133  0.125
##   3   118 Guerlinguetus_aestuans_118     0.04   0      0      0     0      0    
##   4   118 Mazama_americana_118           0.04   0      0      0.035 0.008  0    
##   5   118 Mazama_nemorivaga_118          0.04   0.067  0      0     0.025  0.025
##   6   118 Myrmecophaga_tridactyla_118    0.04   0      0      0     0      0    
##   7   118 Nasua_nasua_118                0.04   0.033  0.014  0.012 0.025  0    
##   8   118 Pauxi_tuberosa_118             0.2    0.1    0.186  0.059 0.025  0.083
##   9   118 Pecari_tajacu_118              0.08   0.067  0.029  0.059 0.008  0.017
##  10   118 Pithecia_irrorata_118          0.04   0.067  0.057  0.071 0.033  0.025
##  11   118 Saguinus_weddelli_118          0.12   0.067  0.129  0.153 0.092  0.075
##  12   118 Sapajus_apella_118             0.28   0.067  0.286  0.271 0.175  0.192
##  13   118 Callicebus_brunneus_118        0      0.033  0.043  0.024 0.042  0.017
##  14   118 Mico_rondoni_118               0      0.133  0.057  0.047 0.067  0.033
##  15   118 Psophia_viridis_118            0      0.067  0.043  0.059 0.033  0.017
##  16   118 Tapirus_terrestris_118         0      0.033  0.014  0     0      0    
##  17   118 Eira_barbara_118               0      0      0.029  0     0.017  0.008
##  18   118 NA_118                         0      0      0.014  0     0      0.017
##  19   118 Saimiri_ustus_118              0      0      0.057  0.106 0.017  0.05 
##  20   118 Tamandua_tetradactyla_118      0      0      0.014  0.012 0      0.017
##  21   118 Tayassu_pecari_118             0      0      0.057  0.047 0      0.042
##  22   118 Sciuridae_118                  0      0      0      0.012 0      0    
##  23   118 Sylvilagus_brasiliensis_118    0      0      0      0.012 0      0    
##  24   118 Tinamidae_118                  0      0      0      0.153 0.058  0    
##  25   118 Cabassous_unicinctus_118       0      0      0      0     0.008  0    
##  26   118 Hydrochoerus_hydrochaeris_118  0      0      0      0     0.008  0    
##  27   118 Panthera_onca_118              0      0      0      0     0.008  0.008
##  28   118 Puma_concolor_118              0      0      0      0     0      0.008
##  29   151 Aburria_cujubi_151            NA     NA      0.057  0.032 0.038  0.11 
##  30   151 Ateles_marginatus_151         NA     NA      0.133  0.064 0.112  0.042
##  31   151 Crax_fasciolata_151           NA     NA      0.029  0.048 0.038  0.11 
##  32   151 Dasyprocta_croconota_151      NA     NA      0.667  0.688 0.45   0.829
##  33   151 Guerlinguetus_aestuans_151    NA     NA      0.114  0.176 0.112  0.085
##  34   151 Mazama_americana_151          NA     NA      0.029  0.016 0.025  0.051
##  35   151 Mazama_nemorivaga_151         NA     NA      0.029  0     0      0.008
##  36   151 Mico_emiliae_151              NA     NA      0.038  0     0.013  0.008
##  37   151 Nasua_nasua_151               NA     NA      0.019  0.016 0.088  0.017
##  38   151 Odontophorus_gujanensis_151   NA     NA      0.114  0.064 0.088  0.068
##  39   151 Ortalis_motmot_151            NA     NA      0.048  0.024 0      0.042
##  40   151 Pauxi_tuberosa_151            NA     NA      0.105  0.096 0.038  0.051
##  41   151 Pecari_tajacu_151             NA     NA      0.048  0.104 0      0.051
##  42   151 Psophia_dextralis_151         NA     NA      0.114  0.064 0.1    0.059
##  43   151 Sapajus_apella_151            NA     NA      0.514  0.432 0.5    0.457
##  44   151 Tamandua_tetradactyla_151     NA     NA      0.038  0.016 0.05   0.034
##  45   151 Tayassu_pecari_151            NA     NA      0.086  0.064 0.062  0.068
##  46   151 Tinamidae_151                 NA     NA      0.01   0     0      0    
##  47   151 Aotus_infulatus_151           NA     NA      0      0.008 0      0    
##  48   151 Callicebus_vieirai_151        NA     NA      0      0.24  0      0    
##  49   151 Cracidae_151                  NA     NA      0      0.008 0      0    
##  50   151 Eira_barbara_151              NA     NA      0      0.008 0      0    
##  51   151 Bradypus_variegatus_151       NA     NA      0      0     0.013  0    
##  52   151 NA_151                        NA     NA      0      0     0      0.042
##  53   151 Odontophorus_stellatus_151    NA     NA      0      0     0      0.008
##  54   151 Panthera_onca_151             NA     NA      0      0     0      0.008
##  55   151 Puma_concolor_151             NA     NA      0      0     0      0.008
##  56   151 Saimiri_ustus_151             NA     NA      0      0     0      0.008
##  57   169 Alouatta_macconnelli_169      NA     NA      0.035  0.047 0.023  0.028
##  58   169 Ateles_paniscus_169           NA     NA      0.012  0.035 0.046  0.041
##  59   169 Cebus_olivaceus_169           NA     NA      0.012  0     0      0.034
##  60   169 Crax_alector_169              NA     NA      0.035  0.012 0.015  0.021
##  61   169 Dasyprocta_leporina_169       NA     NA      0.188  0.141 0.092  0.055
##  62   169 Eira_barbara_169              NA     NA      0.012  0.012 0      0    
##  63   169 Guerlinguetus_aestuans_169    NA     NA      0.047  0.035 0.054  0.028
##  64   169 Mazama_americana_169          NA     NA      0.024  0.012 0.023  0.055
##  65   169 Mazama_nemorivaga_169         NA     NA      0.047  0     0.008  0.041
##  66   169 Myoprocta_acouchy_169         NA     NA      0.118  0.118 0.131  0.11 
##  67   169 Nasua_nasua_169               NA     NA      0.012  0.024 0      0.014
##  68   169 Ortalis_motmot_169            NA     NA      0.024  0     0      0.007
##  69   169 Pecari_tajacu_169             NA     NA      0.024  0.024 0.008  0.021
##  70   169 Penelope_marail_169           NA     NA      0.082  0.024 0.077  0.028
##  71   169 Pitheciidae_169               NA     NA      0.012  0     0      0    
##  72   169 Psophia_crepitans_169         NA     NA      0.059  0.059 0.092  0.055
##  73   169 Saguinus_midas_169            NA     NA      0.106  0.071 0.231  0.11 
##  74   169 Saimiri_sciureus_169          NA     NA      0.047  0.024 0.015  0.007
##  75   169 Sapajus_apella_169            NA     NA      0.306  0.306 0.3    0.241
##  76   169 Sciurillus_pusillus_169       NA     NA      0.071  0.035 0.054  0.103
##  77   169 Tinamus_major_169             NA     NA      0.059  0.071 0.069  0.097
##  78   169 Choloepus_didactylus_169      NA     NA      0      0.012 0.015  0.007
##  79   169 Pithecia_pithecia_169         NA     NA      0      0.012 0.015  0.034
##  80   169 Tayassu_pecari_169            NA     NA      0      0.024 0      0.014
##  81   169 Aotus_infulatus_169           NA     NA      0      0     0.008  0    
##  82   169 bradypus_variegatus_169       NA     NA      0      0     0.008  0.007
##  83   169 Leopardus_tigrinus_169        NA     NA      0      0     0.008  0    
##  84   169 Colinus_cristatus_169         NA     NA      0      0     0      0.007
##  85   169 Leopardus_wiedii_169          NA     NA      0      0     0      0.007
##  86   169 Tapirus_terrestris_169        NA     NA      0      0     0      0.007
##  87   173 Alouatta_juara_173            NA      0.02   0      0.025 0.01   0    
##  88   173 Cacajao_melanocephalus_173    NA      0.01   0.036  0.025 0      0    
##  89   173 Cebus_albifrons_173           NA      0.02   0.018  0     0      0.01 
##  90   173 Choloepus_didactylus_173      NA      0.01   0      0.013 0      0    
##  91   173 Dasyprocta_fuliginosa_173     NA      0.05   0.018  0.05  0.029  0.03 
##  92   173 Lontra_longicaudis_173        NA      0.01   0.009  0     0      0    
##  93   173 Mazama_nemorivaga_173         NA      0.02   0      0.025 0.01   0.01 
##  94   173 Microsciurus_flaviventer_173  NA      0.07   0.018  0.025 0      0    
##  95   173 Myoprocta_pratti_173          NA      0.13   0.1    0.112 0.124  0.2  
##  96   173 NA_173                        NA      0.01   0.009  0.025 0.019  0.11 
##  97   173 Nothocrax_urumutum_173        NA      0.01   0      0     0      0    
##  98   173 Pecari_tajacu_173             NA      0.02   0.045  0.025 0.01   0.02 
##  99   173 Penelope_jacquacu_173         NA      0.1    0.109  0.15  0.057  0.09 
## 100   173 Pithecia_pithecia_173         NA      0.09   0.073  0.025 0.048  0.06 
## 101   173 Puma_concolor_173             NA      0.01   0      0     0      0.01 
## 102   173 Saimiri_cassiquiarensis_173   NA      0.02   0.009  0.013 0.019  0    
## 103   173 Sapajus_apella_173            NA      0.14   0.182  0.325 0.076  0.2  
## 104   173 Urosciurus_igniventris_173    NA      0.05   0.1    0.075 0.114  0.04 
## 105   173 Eira_barbara_173              NA      0      0.018  0.013 0.01   0.01 
## 106   173 Guerlinguetus_aestuans_173    NA      0      0.018  0.038 0.086  0.04 
## 107   173 Leopardus_pardalis_173        NA      0      0.009  0     0      0    
## 108   173 Odontophorus_gujanensis_173   NA      0      0.018  0.062 0.01   0.01 
## 109   173 Tamandua_tetradactyla_173     NA      0      0.009  0     0.01   0    
## 110   173 Tayassu_pecari_173            NA      0      0.009  0.013 0      0    
## 111   173 Cebus_unicolor_173            NA      0      0      0.038 0.01   0    
## 112   173 Leopardus_tigrinus_173        NA      0      0      0.013 0      0    
## 113   173 Pteronura_brasiliensis_173    NA      0      0      0.025 0.01   0    
## 114   173 Mazama_americana_173          NA      0      0      0     0.01   0.03 
## 115   173 Primates_173                  NA      0      0      0     0.01   0    
## 116   187 Alouatta_macconnelli_187       0.1    0.075  0.056  0.04  0.125  0.056
## 117   187 Ateles_paniscus_187            0.1    0.05   0.078  0.064 0.042  0.032
## 118   187 Dasyprocta_leporina_187        0.5    0.212  0.289  0.072 0.083  0.144
## 119   187 Myoprocta_acouchy_187          0.3    0.2    0.233  0.136 0.05   0.208
## 120   187 Penelope_marail_187            0.1    0.075  0.022  0.008 0.067  0.04 
## 121   187 Saguinus_midas_187             0.4    0.175  0.256  0.16  0.275  0.176
## 122   187 Tinamus_major_187              0.1    0.112  0.267  0.272 0.15   0.24 
## 123   187 Crax_alector_187               0      0.075  0.056  0.056 0.05   0.064
## 124   187 Mazama_nemorivaga_187          0      0.013  0.044  0.032 0.025  0.08 
## 125   187 Nasua_nasua_187                0      0.025  0      0.008 0      0.016
## 126   187 Pecari_tajacu_187              0      0.013  0.033  0.04  0.008  0.016
## 127   187 Psophia_crepitans_187          0      0.025  0.156  0.128 0.092  0.104
## 128   187 Sapajus_apella_187             0      0.038  0.1    0.08  0.1    0.128
## 129   187 Tamandua_tetradactyla_187      0      0.013  0.011  0.008 0      0    
## 130   187 Tayassu_pecari_187             0      0.013  0      0     0.008  0.008
## 131   187 Dasypus_novemcinctus_187       0      0      0.022  0     0      0    
## 132   187 Eira_barbara_187               0      0      0.011  0     0      0.016
## 133   187 Guerlinguetus_aestuans_187     0      0      0.033  0.016 0.025  0.016
## 134   187 Leopardus_pardalis_187         0      0      0.011  0     0      0    
## 135   187 Mazama_americana_187           0      0      0.022  0.024 0.017  0.016
## 136   187 Panthera_onca_187              0      0      0.011  0.008 0      0.016
## 137   187 Pithecia_pithecia_187          0      0      0.011  0.024 0.042  0    
## 138   187 Puma_yagouaroundi_187          0      0      0.011  0     0      0    
## 139   187 Sciurillus_pusillus_187        0      0      0.044  0     0      0.024
## 140   187 Tapirus_terrestris_187         0      0      0.011  0     0      0    
## 141   187 Cebus_olivaceus_187            0      0      0      0.008 0.017  0.016
## 142   187 Cuniculus_paca_187             0      0      0      0.016 0      0.008
## 143   187 Saimiri_sciureus_187           0      0      0      0.024 0.017  0.016
## 144   187 Odontophorus_gujanensis_187    0      0      0      0     0.008  0.008
## 145   187 NA_187                         0      0      0      0     0      0.008
## 146   188 Ateles_chamek_188             NA     NA     NA      0.2   0.13   0.08 
## 147   188 Callicebus_brunneus_188       NA     NA     NA      0.233 0.1    0.24 
## 148   188 Dasyprocta_fuliginosa_188     NA     NA     NA      0.3   0.15   0.333
## 149   188 Guerlinguetus_aestuans_188    NA     NA     NA      0.033 0.04   0.08 
## 150   188 Mazama_nemorivaga_188         NA     NA     NA      0.067 0.05   0.08 
## 151   188 Myrmecophaga_tridactyla_188   NA     NA     NA      0.033 0      0    
## 152   188 Pecari_tajacu_188             NA     NA     NA      0.033 0      0.04 
## 153   188 Pithecia_irrorata_188         NA     NA     NA      0.067 0.02   0.093
## 154   188 Saguinus_weddelli_188         NA     NA     NA      0.067 0.04   0.093
## 155   188 Sapajus_apella_188            NA     NA     NA      0.1   0.32   0.293
## 156   188 Alouatta_puruensis_188        NA     NA     NA      0     0.01   0    
## 157   188 E_188                         NA     NA     NA      0     0.57   0    
## 158   188 Eira_barbara_188              NA     NA     NA      0     0.01   0.013
## 159   188 Mazama_americana_188          NA     NA     NA      0     0.01   0.067
## 160   188 Pauxi_tuberosa_188            NA     NA     NA      0     0.01   0    
## 161   188 Psophia_viridis_188           NA     NA     NA      0     0.01   0.027
## 162   188 Sciurillus_pusillus_188       NA     NA     NA      0     0.01   0    
## 163   188 Tamandua_tetradactyla_188     NA     NA     NA      0     0.04   0.013
## 164   188 Tapirus_terrestris_188        NA     NA     NA      0     0.01   0.013
## 165   188 NA_188                        NA     NA     NA      0     0      0.067
## 166   188 Tapirus_kabomani_188          NA     NA     NA      0     0      0.027
## 167   208 Ateles_chamek_208             NA     NA      0.058  0.032 0.065  0.108
## 168   208 Callicebus_bernhardi_208      NA     NA      0.05   0.024 0.065  0.138
## 169   208 Callicebus_brunneus_208       NA     NA      0.017  0.008 0      0    
## 170   208 Chiropotes_albinasus_208      NA     NA      0.075  0.072 0.084  0.108
## 171   208 Dasyprocta_fuliginosa_208     NA     NA      0.283  0.216 0.252  0.369
## 172   208 Eira_barbara_208              NA     NA      0.008  0     0      0.023
## 173   208 Lagothrix_cana_208            NA     NA      0.117  0.12  0.297  0.285
## 174   208 Mazama_americana_208          NA     NA      0.083  0.04  0.032  0.123
## 175   208 Mazama_nemorivaga_208         NA     NA      0.075  0.048 0.045  0.069
## 176   208 Nasua_nasua_208               NA     NA      0.008  0     0.013  0.015
## 177   208 Pauxi_tuberosa_208            NA     NA      0.05   0.048 0.084  0.131
## 178   208 Pecari_tajacu_208             NA     NA      0.025  0.024 0.013  0.038
## 179   208 Penelope_jacquacu_208         NA     NA      0.058  0.176 0.123  0.162
## 180   208 Pithecia_irrorata_208         NA     NA      0.05   0.008 0.039  0.023
## 181   208 Psophia_viridis_208           NA     NA      0.05   0.048 0.071  0.038
## 182   208 Saimiri_ustus_208             NA     NA      0.025  0.032 0      0    
## 183   208 Sapajus_apella_208            NA     NA      0.1    0.096 0.065  0.069
## 184   208 Tamandua_tetradactyla_208     NA     NA      0.008  0.032 0.026  0.015
## 185   208 Tinamidae_208                 NA     NA      0.042  0.12  0      0    
## 186   208 Atelocynus_microtis_208       NA     NA      0      0.008 0      0    
## 187   208 Cerdocyon_thous_208           NA     NA      0      0.008 0      0.008
## 188   208 Mico_melanurus_208            NA     NA      0      0.008 0      0    
## 189   208 Tayassu_pecari_208            NA     NA      0      0.008 0.006  0.015
## 190   208 Callitrichidae_208            NA     NA      0      0     0.019  0    
## 191   208 Myrmecophaga_tridactyla_208   NA     NA      0      0     0.006  0    
## 192   208 Nothocrax_urumutum_208        NA     NA      0      0     0.006  0    
## 193   208 Panthera_onca_208             NA     NA      0      0     0.013  0    
## 194   208 Choloepus_didactylus_208      NA     NA      0      0     0      0.008
## 195   208 Leopardus_wiedii_208          NA     NA      0      0     0      0.008
## 196   208 NA_208                        NA     NA      0      0     0      0.031
## 197   208 Puma_yagouaroundi_208         NA     NA      0      0     0      0.008
## 198   208 Tapirus_terrestris_208        NA     NA      0      0     0      0.023
## 199   211 Alouatta_belzebul_211         NA     NA      0.133  0.04  0.038  0.018
## 200   211 Crax_fasciolata_211           NA     NA      0.067  0.027 0.075  0.055
## 201   211 Dasyprocta_leporina_211       NA     NA      0.233  0.373 0.35   0.464
## 202   211 Eira_barbara_211              NA     NA      0.033  0.013 0.013  0    
## 203   211 Guerlinguetus_aestuans_211    NA     NA      0.033  0.053 0.038  0.073
## 204   211 Mazama_americana_211          NA     NA      0.033  0.147 0.1    0.018
## 205   211 Mazama_nemorivaga_211         NA     NA      0.033  0     0.013  0.018
## 206   211 Myrmecophaga_tridactyla_211   NA     NA      0.033  0     0      0    
## 207   211 Nasua_nasua_211               NA     NA      0.1    0     0      0.027
## 208   211 Odontophorus_gujanensis_211   NA     NA      0.067  0.013 0.062  0    
## 209   211 Ortalis_motmot_211            NA     NA      0.067  0.013 0      0.055
## 210   211 Pauxi_tuberosa_211            NA     NA      0.133  0.133 0.038  0.009
## 211   211 Psophia_interjecta_211        NA     NA      0.133  0.027 0.1    0.055
## 212   211 Saimiri_collinsi_211          NA     NA      0.167  0.093 0.025  0.073
## 213   211 Sapajus_apella_211            NA     NA      0.2    0.107 0.075  0.173
## 214   211 Aburria_cujubi_211            NA     NA      0      0.013 0      0.073
## 215   211 Callicebus_moloch_211         NA     NA      0      0.027 0.038  0    
## 216   211 Callitrichidae_211            NA     NA      0      0.013 0      0    
## 217   211 Chiropotes_utahickae_211      NA     NA      0      0.04  0.05   0.009
## 218   211 Cracidae_211                  NA     NA      0      0.013 0      0    
## 219   211 Cuniculus_paca_211            NA     NA      0      0.027 0      0    
## 220   211 Hydrochoerus_hydrochaeris_211 NA     NA      0      0.013 0      0    
## 221   211 Pecari_tajacu_211             NA     NA      0      0.027 0.025  0.018
## 222   211 Saguinus_niger_211            NA     NA      0      0.227 0.05   0.055
## 223   211 Tayassu_pecari_211            NA     NA      0      0.107 0.013  0    
## 224   211 Bradypus_variegatus_211       NA     NA      0      0     0.013  0    
## 225   211 NA_211                        NA     NA      0      0     0.062  0.191
## 226   211 Sciurillus_pusillus_211       NA     NA      0      0     0.038  0.018
## 227   211 Tamandua_tetradactyla_211     NA     NA      0      0     0.013  0.027
## 228   211 Tapirus_terrestris_211        NA     NA      0      0     0.013  0    
## 229   211 Atelocynus_microtis_211       NA     NA      0      0     0      0.009
## 230   211 bradypus_variegatus_211       NA     NA      0      0     0      0.009
## 231   211 Dasypus_kappleri_211          NA     NA      0      0     0      0.009
## 232   211 Priodontes_maximus_211        NA     NA      0      0     0      0.009
## 233   211 Puma_concolor_211             NA     NA      0      0     0      0.009
## 234   211 Sylvilagus_brasiliensis_211   NA     NA      0      0     0      0.009
## 235   211 Tinamidae_211                 NA     NA      0      0     0      0.064
## 236   213 Alouatta_macconnelli_213       0.043  0.088  0.047  0.023 0.028  0.02 
## 237   213 Ateles_paniscus_213            0.235  0.288  0.16   0.146 0.159  0.151
## 238   213 Chiropotes_sagulatus_213       0.078  0.04   0.073  0.046 0.103  0.053
## 239   213 Crax_alector_213               0.165  0.376  0.16   0.108 0.131  0.085
## 240   213 Dasyprocta_leporina_213        0.209  0.472  0.44   0.223 0.241  0.335
## 241   213 Eira_barbara_213               0.009  0.032  0.02   0.023 0.007  0.013
## 242   213 Guerlinguetus_aestuans_213     0.026  0.112  0.187  0     0      0.039
## 243   213 Mazama_americana_213           0.043  0.096  0.047  0.054 0.055  0.039
## 244   213 Mazama_nemorivaga_213          0.009  0.048  0.047  0.008 0      0.007
## 245   213 Myoprocta_acouchy_213          0.609  1.29   1.57   0.731 0.959  1.18 
## 246   213 NA_213                         0.009  0      0      0     0      0    
## 247   213 Nasua_nasua_213                0.009  0.008  0.007  0     0      0.013
## 248   213 Odontophorus_gujanensis_213    0.026  0.04   0.027  0.062 0.048  0.072
## 249   213 Panthera_onca_213              0.009  0.008  0.013  0     0      0    
## 250   213 Pecari_tajacu_213              0.087  0.04   0.04   0.023 0.014  0.033
## 251   213 Psophia_crepitans_213          0.122  0.2    0.133  0.123 0.097  0.085
## 252   213 Saguinus_midas_213             0.087  0.032  0.087  0.062 0.034  0.098
## 253   213 Saimiri_sciureus_213           0.017  0.016  0.013  0     0.021  0.007
## 254   213 Sapajus_apella_213             0.191  0.272  0.267  0.254 0.276  0.236
## 255   213 Tamandua_tetradactyla_213      0.017  0.008  0.013  0.008 0.028  0    
## 256   213 Tapirus_terrestris_213         0.026  0.032  0      0     0      0    
## 257   213 Tinamus_major_213              0.27   0.304  0.493  0.2   0.159  0.25 
## 258   213 Aburria_cumanensis_213         0      0.024  0      0.054 0      0.007
## 259   213 Bradypus_variegatus_213        0      0.008  0      0     0      0    
## 260   213 Cebus_olivaceus_213            0      0.024  0      0     0      0    
## 261   213 Dasypus_novemcinctus_213       0      0.008  0      0     0      0    
## 262   213 Leopardus_wiedii_213           0      0.008  0.013  0     0      0    
## 263   213 Myrmecophaga_tridactyla_213    0      0.016  0.007  0     0      0    
## 264   213 Primates_213                   0      0.008  0      0     0      0    
## 265   213 Puma_concolor_213              0      0.016  0.007  0     0      0    
## 266   213 Tayassu_pecari_213             0      0.016  0.007  0     0      0    
## 267   213 Bradypodidae_213               0      0      0.007  0     0      0    
## 268   213 Cyclopes_didactylus_213        0      0      0.007  0     0      0    
## 269   213 Pithecia_pithecia_213          0      0      0.007  0.015 0.007  0.033
## 270   213 Priodontes_maximus_213         0      0      0.007  0     0      0    
## 271   213 Ortalis_motmot_213             0      0      0      0.008 0.007  0.02 
## 272   213 Sciuridae_213                  0      0      0      0.062 0.076  0    
## 273   213 Galictis_vittata_213           0      0      0      0     0.007  0    
## 274   213 Leopardus_pardalis_213         0      0      0      0     0.007  0    
## 275   222 Alouatta_puruensis_222        NA     NA     NA     NA     0.086  0.16 
## 276   222 Aotus_nigriceps_222           NA     NA     NA     NA     0.014  0.008
## 277   222 Callicebus_cupreus_222        NA     NA     NA     NA     0.121  0.16 
## 278   222 Callimico_goeldii_222         NA     NA     NA     NA     0.007  0    
## 279   222 Callitrichidae_222            NA     NA     NA     NA     0.007  0    
## 280   222 Cebuella_pygmaea_222          NA     NA     NA     NA     0.007  0    
## 281   222 Cebus_unicolor_222            NA     NA     NA     NA     0.064  0.024
## 282   222 Dasyprocta_fuliginosa_222     NA     NA     NA     NA     0.157  0.144
## 283   222 Eira_barbara_222              NA     NA     NA     NA     0.007  0.008
## 284   222 Guerlinguetus_aestuans_222    NA     NA     NA     NA     0.007  0.008
## 285   222 Mazama_americana_222          NA     NA     NA     NA     0.036  0.016
## 286   222 Mazama_nemorivaga_222         NA     NA     NA     NA     0.014  0    
## 287   222 Microsciurus_flaviventer_222  NA     NA     NA     NA     0.014  0.008
## 288   222 Myoprocta_pratti_222          NA     NA     NA     NA     0.014  0.024
## 289   222 Nasua_nasua_222               NA     NA     NA     NA     0.007  0.016
## 290   222 Odontophorus_stellatus_222    NA     NA     NA     NA     0.043  0.032
## 291   222 Ortalis_guttata_222           NA     NA     NA     NA     0.064  0.048
## 292   222 Pecari_tajacu_222             NA     NA     NA     NA     0.043  0.048
## 293   222 Penelope_jacquacu_222         NA     NA     NA     NA     0.229  0.176
## 294   222 Pithecia_irrorata_222         NA     NA     NA     NA     0.014  0.008
## 295   222 Psophia_leucoptera_222        NA     NA     NA     NA     0.029  0.024
## 296   222 Saguinus_imperator_222        NA     NA     NA     NA     0.157  0.168
## 297   222 Saguinus_weddelli_222         NA     NA     NA     NA     0.043  0.096
## 298   222 Saimiri_boliviensis_222       NA     NA     NA     NA     0.2    0.144
## 299   222 Sapajus_macrocephalus_222     NA     NA     NA     NA     0.286  0.232
## 300   222 Tamandua_tetradactyla_222     NA     NA     NA     NA     0.007  0.016
## 301   222 Tapirus_terrestris_222        NA     NA     NA     NA     0.007  0    
## 302   222 Tayassu_pecari_222            NA     NA     NA     NA     0.029  0.024
## 303   222 Tinamidae_222                 NA     NA     NA     NA     0.029  0    
## 304   222 Coendou_prehensilis_222       NA     NA     NA     NA     0      0.008
## 305   222 Dasypus_novemcinctus_222      NA     NA     NA     NA     0      0.008
## 306   222 Myrmecophaga_tridactyla_222   NA     NA     NA     NA     0      0.008
## 307   222 NA_222                        NA     NA     NA     NA     0      0.096
## 308   222 Puma_yagouaroundi_222         NA     NA     NA     NA     0      0.008
## 309   232 Aburria_cumanensis_232         0.011  0      0      0     0      0    
## 310   232 Alouatta_puruensis_232         0.084  0.118  0.078  0.022 0.1    0.038
## 311   232 Aotus_nigriceps_232            0.074  0.106  0.122  0.022 0.03   0.029
## 312   232 Cabassous_unicinctus_232       0.021  0.012  0      0.011 0      0    
## 313   232 Callicebus_cupreus_232         0.189  0.129  0.122  0.078 0.05   0.019
## 314   232 Callimico_goeldii_232          0.042  0.024  0.044  0.022 0.01   0.01 
## 315   232 Cebus_unicolor_232             0.063  0.047  0.078  0.089 0.07   0.086
## 316   232 Dasyprocta_fuliginosa_232      0.232  0.271  0.256  0.1   0.17   0.2  
## 317   232 Eira_barbara_232               0.042  0.024  0.056  0.011 0.01   0.01 
## 318   232 Guerlinguetus_ignitus_232      0.105  0.047  0.056  0     0.16   0.124
## 319   232 Leopardus_tigrinus_232         0.032  0      0      0     0      0    
## 320   232 Mazama_americana_232           0.074  0.035  0.056  0.033 0.04   0.029
## 321   232 Microsciurus_flaviventer_232   0.021  0.012  0.067  0.022 0.07   0    
## 322   232 Myoprocta_pratti_232           0.084  0.141  0.144  0.067 0.07   0.057
## 323   232 Myrmecophaga_tridactyla_232    0.011  0.035  0.022  0     0      0    
## 324   232 Nasua_nasua_232                0.042  0.071  0.056  0.033 0.03   0.019
## 325   232 Odontophorus_stellatus_232     0.011  0.059  0.1    0.044 0.07   0.029
## 326   232 Panthera_onca_232              0.011  0.012  0      0     0.01   0    
## 327   232 Pauxi_tuberosa_232             0.011  0.012  0      0     0      0    
## 328   232 Pecari_tajacu_232              0.168  0.153  0.111  0.111 0.18   0.095
## 329   232 Penelope_jacquacu_232          0.211  0.2    0.178  0.2   0.27   0.286
## 330   232 Priodontes_maximus_232         0.011  0      0      0     0      0    
## 331   232 Psophia_leucoptera_232         0.063  0.071  0.111  0.044 0.06   0.038
## 332   232 Saguinus_imperator_232         0.021  0.071  0.056  0.056 0.06   0.029
## 333   232 Saguinus_weddelli_232          0.021  0.059  0.033  0.089 0.09   0.038
## 334   232 Saimiri_boliviensis_232        0.053  0.047  0.167  0.078 0.08   0.114
## 335   232 Sapajus_macrocephalus_232      0.189  0.153  0.2    0.189 0.16   0.152
## 336   232 Tamandua_tetradactyla_232      0.032  0.082  0.011  0     0      0.01 
## 337   232 Leopardus_wiedii_232           0      0.012  0      0.011 0.01   0    
## 338   232 Leopardus_pardalis_232         0      0      0.011  0     0      0    
## 339   232 Tayassu_pecari_232             0      0      0.011  0     0.01   0    
## 340   232 Dasypus_novemcinctus_232       0      0      0      0.011 0.01   0    
## 341   232 Galictis_vittata_232           0      0      0      0.011 0      0    
## 342   232 Nothocrax_urumutum_232         0      0      0      0.011 0.03   0    
## 343   232 Ortalis_guttata_232            0      0      0      0.022 0      0    
## 344   232 Puma_concolor_232              0      0      0      0     0.01   0    
## 345   232 Puma_yagouaroundi_232          0      0      0      0     0.01   0    
## 346   232 Sciuridae_232                  0      0      0      0     0.01   0    
## 347   232 Speothus_venaticus_232         0      0      0      0     0      0.01 
## 348   256 Ateles_chamek_256             NA     NA     NA      0.078 0.037  0.077
## 349   256 Callicebus_brunneus_256       NA     NA     NA      0.031 0.056  0.01 
## 350   256 Cerdocyon_thous_256           NA     NA     NA      0.016 0      0.01 
## 351   256 Crax_fasciolata_256           NA     NA     NA      0.016 0      0.01 
## 352   256 Cuniculus_paca_256            NA     NA     NA      0.016 0      0    
## 353   256 Dasyprocta_fuliginosa_256     NA     NA     NA      0.109 0.139  0.184
## 354   256 Mazama_nemorivaga_256         NA     NA     NA      0.031 0.009  0.029
## 355   256 Ortalis_guttata_256           NA     NA     NA      0.016 0      0    
## 356   256 Pecari_tajacu_256             NA     NA     NA      0.031 0.074  0.019
## 357   256 Pithecia_irrorata_256         NA     NA     NA      0.016 0.009  0.039
## 358   256 Saguinus_weddelli_256         NA     NA     NA      0.016 0.028  0.01 
## 359   256 Saimiri_ustus_256             NA     NA     NA      0.016 0.056  0.077
## 360   256 Sapajus_apella_256            NA     NA     NA      0.514 0.297  0.338
## 361   256 Tamandua_tetradactyla_256     NA     NA     NA      0.031 0.009  0    
## 362   256 Cebus_unicolor_256            NA     NA     NA      0     0.037  0.01 
## 363   256 Dasypus_kappleri_256          NA     NA     NA      0     0.009  0    
## 364   256 Mazama_americana_256          NA     NA     NA      0     0.019  0    
## 365   256 Myrmecophaga_tridactyla_256   NA     NA     NA      0     0.009  0    
## 366   256 Nasua_nasua_256               NA     NA     NA      0     0.009  0    
## 367   256 Pauxi_tuberosa_256            NA     NA     NA      0     0.028  0.029
## 368   256 Psophia_viridis_256           NA     NA     NA      0     0.009  0.01 
## 369   256 Tayassu_pecari_256            NA     NA     NA      0     0.009  0.039
## 370   256 Dasypus_novemcinctus_256      NA     NA     NA      0     0      0.01 
## 371   256 NA_256                        NA     NA     NA      0     0      0.029
## 372   259 Alouatta_nigerrima_259         0.08   0.053  0.035  0.069 0.044  0.041
## 373   259 Bradypus_variegatus_259        0.04   0      0      0.01  0.009  0    
## 374   259 Callicebus_hoffmannsi_259      0.06   0.004  0.032  0.027 0.025  0.021
## 375   259 Cebus_unicolor_259             0.02   0      0.014  0.032 0.047  0.038
## 376   259 Chiropotes_albinasus_259       0.04   0.013  0.035  0.049 0.016  0.024
## 377   259 Dasyprocta_croconota_259       0.1    0.529  0.768  0.598 0.584  0.665
## 378   259 Eira_barbara_259               0.04   0.004  0      0.012 0.006  0.006
## 379   259 Guerlinguetus_aestuans_259     0.02   0.044  0.011  0.012 0.006  0.006
## 380   259 Mico_humeralifer_259           0.08   0.013  0.021  0.062 0.053  0.047
## 381   259 Odontophorus_gujanensis_259    0.02   0      0.007  0.012 0.006  0.035
## 382   259 Pauxi_tuberosa_259             0.02   0.018  0.014  0.035 0.013  0.015
## 383   259 Pecari_tajacu_259              0.02   0.022  0.021  0.04  0.034  0.026
## 384   259 Pithecia_irrorata_259          0.08   0      0.011  0.03  0.044  0.038
## 385   259 Sapajus_apella_259             0.16   0.098  0.102  0.22  0.225  0.218
## 386   259 Dasypodidae_259                0      0.004  0.014  0     0      0    
## 387   259 Mazama_americana_259           0      0.004  0.035  0.049 0.059  0.106
## 388   259 Myrmecophaga_tridactyla_259    0      0.004  0.004  0.01  0.003  0.003
## 389   259 NA_259                         0      0.004  0      0     0      0.026
## 390   259 Nasua_nasua_259                0      0.009  0.039  0.057 0.081  0.071
## 391   259 Panthera_onca_259              0      0.004  0.004  0     0.006  0.003
## 392   259 Psophia_viridis_259            0      0.036  0.028  0.091 0.059  0.05 
## 393   259 Saimiri_ustus_259              0      0.009  0.004  0     0.003  0.006
## 394   259 Tapirus_terrestris_259         0      0.004  0      0.005 0.003  0    
## 395   259 Tayassu_pecari_259             0      0.009  0.018  0.005 0.013  0.003
## 396   259 Tayassuidae_259                0      0.004  0      0     0      0    
## 397   259 Aburria_cujubi_259             0      0      0.007  0.03  0.016  0.009
## 398   259 Aotus_nigriceps_259            0      0      0.004  0.005 0      0    
## 399   259 Ateles_chamek_259              0      0      0.004  0     0      0    
## 400   259 Cabassous_unicinctus_259       0      0      0.004  0     0      0.003
## 401   259 Choloepus_didactylus_259       0      0      0.004  0.002 0.006  0.003
## 402   259 Cracidae_259                   0      0      0.021  0.007 0      0    
## 403   259 Cuniculus_paca_259             0      0      0.004  0     0.006  0    
## 404   259 Felidae_259                    0      0      0.007  0     0      0    
## 405   259 Galictis_vittata_259           0      0      0.007  0.007 0.003  0    
## 406   259 Mazama_nemorivaga_259          0      0      0.007  0.03  0.05   0.038
## 407   259 Primates_259                   0      0      0.007  0     0      0    
## 408   259 Sciuridae_259                  0      0      0.004  0     0      0    
## 409   259 Tinamidae_259                  0      0      0.035  0.007 0      0    
## 410   259 Cerdocyon_thous_259            0      0      0      0.002 0.003  0    
## 411   259 Coendou_prehensilis_259        0      0      0      0.002 0.003  0.003
## 412   259 Cyclopes_didactylus_259        0      0      0      0.002 0      0    
## 413   259 Didelphis_marsupialis_259      0      0      0      0.002 0.003  0.006
## 414   259 Leopardus_pardalis_259         0      0      0      0.005 0      0.003
## 415   259 Leopardus_wiedii_259           0      0      0      0.005 0      0.003
## 416   259 Lontra_longicaudis_259         0      0      0      0.002 0      0    
## 417   259 Myoprocta_pratti_259           0      0      0      0.02  0      0.038
## 418   259 Ortalis_guttata_259            0      0      0      0.02  0.003  0.006
## 419   259 Puma_concolor_259              0      0      0      0.007 0      0.003
## 420   259 Puma_yagouaroundi_259          0      0      0      0.002 0      0    
## 421   259 Sciurillus_pusillus_259        0      0      0      0.002 0.006  0    
## 422   259 Tamandua_tetradactyla_259      0      0      0      0.015 0.003  0.003
## 423   259 Dasypus_novemcinctus_259       0      0      0      0     0.013  0.003
## 424   259 Leopardus_tigrinus_259         0      0      0      0     0.003  0    
## 425   259 bradypus_variegatus_259        0      0      0      0     0      0.009
## 426   274 Alouatta_juara_274            NA     NA     NA      0.02  0.021  0    
## 427   274 Dasyprocta_fuliginosa_274     NA     NA     NA      0.14  0.147  0    
## 428   274 Guerlinguetus_aestuans_274    NA     NA     NA      0.02  0.053  0.062
## 429   274 Myoprocta_pratti_274          NA     NA     NA      0.06  0.158  0.446
## 430   274 Odontophorus_stellatus_274    NA     NA     NA      0.04  0.116  0.246
## 431   274 Ortalis_guttata_274           NA     NA     NA      0.02  0      0.031
## 432   274 Panthera_onca_274             NA     NA     NA      0.02  0      0.015
## 433   274 Pecari_tajacu_274             NA     NA     NA      0.02  0      0.015
## 434   274 Penelope_jacquacu_274         NA     NA     NA      0.2   0.442  0.538
## 435   274 Pithecia_irrorata_274         NA     NA     NA      0.08  0.137  0.169
## 436   274 Saguinus_imperator_274        NA     NA     NA      0.06  0.074  0.108
## 437   274 Tamandua_tetradactyla_274     NA     NA     NA      0.02  0.021  0.031
## 438   274 Bradypus_variegatus_274       NA     NA     NA      0     0.011  0    
## 439   274 Cebus_unicolor_274            NA     NA     NA      0     0.032  0    
## 440   274 Eira_barbara_274              NA     NA     NA      0     0.011  0.031
## 441   274 Lontra_longicaudis_274        NA     NA     NA      0     0.011  0    
## 442   274 Mazama_americana_274          NA     NA     NA      0     0.042  0    
## 443   274 Microsciurus_flaviventer_274  NA     NA     NA      0     0.011  0.077
## 444   274 Nasua_nasua_274               NA     NA     NA      0     0.021  0.015
## 445   274 Psophia_leucoptera_274        NA     NA     NA      0     0.074  0.108
## 446   274 Saimiri_boliviensis_274       NA     NA     NA      0     0.011  0    
## 447   274 Sapajus_macrocephalus_274     NA     NA     NA      0     0.095  0.108
## 448   274 Canis_familiaris_274          NA     NA     NA      0     0      0.015
## 449   274 Cebus_albifrons_274           NA     NA     NA      0     0      0.031
## 450   274 Dasyprocta_cf. fuliginosa_274 NA     NA     NA      0     0      0.231
## 451   274 Lagothrix_poeppigii_274       NA     NA     NA      0     0      0.015
## 452   274 Lontra_longicaudata_274       NA     NA     NA      0     0      0.015
## 453   281 Aburria_cujubi_281            NA     NA      0.069  0.036 0.033  0.01 
## 454   281 Alouatta_puruensis_281        NA     NA      0.021  0.027 0.022  0.02 
## 455   281 Aotus_nigriceps_281           NA     NA      0.014  0     0      0.02 
## 456   281 Ateles_chamek_281             NA     NA      0.179  0.273 0.244  0.16 
## 457   281 Callicebus_cinerascens_281    NA     NA      0.007  0     0.033  0.03 
## 458   281 Callicebus_moloch_281         NA     NA      0.028  0     0      0.02 
## 459   281 Cebus_unicolor_281            NA     NA      0.007  0.036 0.011  0    
## 460   281 Chiropotes_albinasus_281      NA     NA      0.076  0.082 0.044  0.07 
## 461   281 Cracidae_281                  NA     NA      0.014  0     0      0    
## 462   281 Crax_fasciolata_281           NA     NA      0.014  0     0      0    
## 463   281 Dasyprocta_fuliginosa_281     NA     NA      0.193  0.209 0.256  0.33 
## 464   281 Dasypus_novemcinctus_281      NA     NA      0.007  0.009 0      0    
## 465   281 Didelphis_marsupialis_281     NA     NA      0.007  0.009 0      0    
## 466   281 Eira_barbara_281              NA     NA      0.007  0.018 0.011  0.01 
## 467   281 Galictis_vittata_281          NA     NA      0.007  0     0.011  0    
## 468   281 Guerlinguetus_aestuans_281    NA     NA      0.007  0.009 0.033  0.02 
## 469   281 Lagothrix_cana_281            NA     NA      0.193  0.164 0.267  0.08 
## 470   281 Mazama_americana_281          NA     NA      0.048  0.073 0.033  0.01 
## 471   281 Mazama_nemorivaga_281         NA     NA      0.021  0.082 0.067  0    
## 472   281 Mico_melanurus_281            NA     NA      0.152  0.136 0.133  0.04 
## 473   281 Nasua_nasua_281               NA     NA      0.014  0     0.033  0    
## 474   281 Panthera_onca_281             NA     NA      0.014  0.018 0      0    
## 475   281 Pauxi_tuberosa_281            NA     NA      0.166  0.182 0.211  0.09 
## 476   281 Pecari_tajacu_281             NA     NA      0.028  0.073 0.056  0.05 
## 477   281 Pithecia_irrorata_281         NA     NA      0.034  0.027 0.067  0.03 
## 478   281 Priodontes_maximus_281        NA     NA      0.014  0     0      0    
## 479   281 Procyonidae_281               NA     NA      0.007  0     0      0    
## 480   281 Psophia_dextralis_281         NA     NA      0.014  0.009 0      0    
## 481   281 Psophia_viridis_281           NA     NA      0.076  0.064 0.044  0.03 
## 482   281 Puma_concolor_281             NA     NA      0.007  0     0      0    
## 483   281 Saimiri_ustus_281             NA     NA      0.028  0.055 0.033  0.01 
## 484   281 Sapajus_apella_281            NA     NA      0.214  0.291 0.211  0.16 
## 485   281 Tamandua_tetradactyla_281     NA     NA      0.014  0     0      0.01 
## 486   281 Tapirus_terrestris_281        NA     NA      0.028  0.018 0.022  0    
## 487   281 Tayassu_pecari_281            NA     NA      0.055  0.018 0.033  0.01 
## 488   281 Tinamidae_281                 NA     NA      0.007  0.009 0.011  0    
## 489   281 Cabassous_unicinctus_281      NA     NA      0      0.009 0      0    
## 490   281 Cerdocyon_thous_281           NA     NA      0      0.009 0      0.01 
## 491   281 Coendou_prehensilis_281       NA     NA      0      0.009 0      0    
## 492   281 Leopardus_pardalis_281        NA     NA      0      0.018 0      0    
## 493   281 Myoprocta_pratti_281          NA     NA      0      0.009 0.011  0    
## 494   281 Myrmecophaga_tridactyla_281   NA     NA      0      0.009 0      0    
## 495   281 Pitheciidae_281               NA     NA      0      0.009 0      0    
## 496   281 Sciurillus_pusillus_281       NA     NA      0      0.018 0      0    
## 497   281 Hydrochoerus_hydrochaeris_281 NA     NA      0      0     0.022  0    
## 498   281 NA_281                        NA     NA      0      0     0      0.11 
## 499   281 Puma_yagouaroundi_281         NA     NA      0      0     0      0.01 
## 500  1633 Ateles_chamek_1633            NA     NA     NA      0.025 0      0    
## 501  1633 Callicebus_dubius_1633        NA     NA     NA      0.025 0.014  0    
## 502  1633 Crax_globulosa_1633           NA     NA     NA      0.05  0.007  0.015
## 503  1633 Lagothrix_cana_1633           NA     NA     NA      0.25  0.064  0.115
## 504  1633 Mazama_americana_1633         NA     NA     NA      0.025 0.007  0    
## 505  1633 Mazama_nemorivaga_1633        NA     NA     NA      0.025 0      0    
## 506  1633 Pecari_tajacu_1633            NA     NA     NA      0.05  0.05   0.023
## 507  1633 Penelope_jacquacu_1633        NA     NA     NA      0.225 0.186  0.162
## 508  1633 Pithecia_irrorata_1633        NA     NA     NA      0.2   0.043  0.038
## 509  1633 Psophia_leucoptera_1633       NA     NA     NA      0.075 0.014  0.038
## 510  1633 Sapajus_macrocephalus_1633    NA     NA     NA      0.5   0.079  0.138
## 511  1633 Tayassu_pecari_1633           NA     NA     NA      0.05  0      0    
## 512  1633 Aotus_nigriceps_1633          NA     NA     NA      0     0.014  0    
## 513  1633 Atelidae_1633                 NA     NA     NA      0     0.021  0    
## 514  1633 Callitrichidae_1633           NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 515  1633 Cebidae_1633                  NA     NA     NA      0     0.007  0.015
## 516  1633 Cebus_albifrons_1633          NA     NA     NA      0     0.086  0.038
## 517  1633 Dasyprocta_fuliginosa_1633    NA     NA     NA      0     0.05   0.038
## 518  1633 Leopardus_pardalis_1633       NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 519  1633 Lontra_longicaudis_1633       NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 520  1633 NA_1633                       NA     NA     NA      0     0.007  0.038
## 521  1633 Ozotocerus_bezoarticus_1633   NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 522  1633 Pitheciidae_1633              NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 523  1633 Saimiri_boliviensis_1633      NA     NA     NA      0     0.014  0.008
## 524  1633 Sciuridae_1633                NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 525  1633 Tayassuidae_1633              NA     NA     NA      0     0.007  0    
## 526  1633 Tinamidae_1633                NA     NA     NA      0     0.064  0    
## 527  1633 Eira_barbara_1633             NA     NA     NA      0     0      0.008
## 528  1633 Tapirus_terrestris_1633       NA     NA     NA      0     0      0.015
## 529  1810 Aburria_cujubi_1810           NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 530  1810 Alouatta_nigerrima_1810       NA     NA     NA     NA     0.092 NA    
## 531  1810 Ateles_marginatus_1810        NA     NA     NA     NA     0.042 NA    
## 532  1810 Callicebus_moloch_1810        NA     NA     NA     NA     0.058 NA    
## 533  1810 Cracidae_1810                 NA     NA     NA     NA     0.008 NA    
## 534  1810 Dasyprocta_leporina_1810      NA     NA     NA     NA     0.858 NA    
## 535  1810 Eira_barbara_1810             NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 536  1810 Guerlinguetus_gilvigularis_1~ NA     NA     NA     NA     0.083 NA    
## 537  1810 Mazama_americana_1810         NA     NA     NA     NA     0.075 NA    
## 538  1810 Mazama_nemorivaga_1810        NA     NA     NA     NA     0.025 NA    
## 539  1810 Mico_argentatus_1810          NA     NA     NA     NA     0.075 NA    
## 540  1810 Nasua_nasua_1810              NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 541  1810 Ortalis_motmot_1810           NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 542  1810 Pauxi_tuberosa_1810           NA     NA     NA     NA     0.075 NA    
## 543  1810 Pecari_tajacu_1810            NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 544  1810 Psophia_dextralis_1810        NA     NA     NA     NA     0.017 NA    
## 545  1810 Saimiri_ustus_1810            NA     NA     NA     NA     0.008 NA    
## 546  1810 Sapajus_apella_1810           NA     NA     NA     NA     0.25  NA    
## 547  1810 Tayassu_pecari_1810           NA     NA     NA     NA     0.008 NA    
## 548  1810 Cuniculus_paca_1810           NA     NA     NA     NA     0     NA    
## 549  1810 Leopardus_wiedii_1810         NA     NA     NA     NA     0     NA    
## 550  1810 NA_1810                       NA     NA     NA     NA     0     NA

Selecionar populações com taxa de avistamento média acima de 0.1 (1 ind/10km)

taxas_anuais <- taxas_anuais %>%
  mutate(media = rowMeans(.[,3:8])) %>%
  filter(media > 0.1) %>%
  select(-media)
taxas_anuais
#print(taxas_anuais, n=Inf)